# 进阶模块
# AGFusion
用于在一维蛋白和基因组水平可视化融合基因结构模式。
数据表格（四列）：
gene5 | 5' 基因
gene3 | 3' 基因
breakpoint5 | 5‘ 断点
breakpoint3 | 3‘ 断点
额外参数
参考基因版本 | 基因组版本号：hg38 或 hg19
输出野生型基因 | 同时输出野生型基因结构
# Chromsomes-Scatter
染色体坐标可视化数值分布。
# ClusterProfiler GO/KEGG
详细参数见 ClusterProfiler Books (opens new window).
注意:
KEGG DB参数可以输入 .rds 格式的文件或者物种名 (如 hsa 和 rno) (示例 2)。- 所有数据列都将独立进行富集分析
- 如果绘图结果中存在灰色空白区，说明未显著富集到条目，可能需要调整 P 或 Q 阈值来纳入更多条目
# Cola
简介
共识聚类分析（Consensus clustering）基于 cola 框架。
# DiscoverMutTest
用于分析癌症基因突变的共存互斥性。
# Fusion-Circlize
使用染色体圈图可视化融合基因。
# GGMSA
可以基于 ggplot2 语法可视化多重序列比对结果。
# GGtree-MSA
可以用于可视化进化树和多重序列比对结果。
# GISTIC2
⚠️注意：如果程序没有发现 overlap 相关的错误，请不要使用预处理相关的 2 个参数，请保持保持它们为默认值。
新增加的 2 个参数不属于 GISTIC2 软件本身，它们被设计用来处理 GISTIC2 报告 Overlap 相关错误：
- 预处理 Overlap 片段：激活预处理。
- 预处理最少探针数：如果预处理被激活，该参数可以用来过滤掉小于该参数值的拷贝数片段。 ## 染色体热图
染色体坐标可视化数值分布。
# 突变全景图
计算平均表达量，然后在 KEGG 通路中进行展示。